Cysteamín hydrochlorid sa môže používať pri výrobe kozmetiky, prísad do krmív, protivredových liekov. Môže sa tiež používať pri výrobe biochemických činidiel a komplexných látok pre ťažké mäsové ióny. Môže reagovať s enzýmom ľudského tela a stabilizovať jeho výkon, keď existuje žiarenie, preto sa môže použiť na liečenie radiačného syndrómu a otravy tetraetyl-olovom. Môžu sa z neho vyrábať tablety alebo injekcie.