L-cysteín sa používa hlavne v medicíne, kozmetike, biochemickom výskume; Používa sa v chlebových materiáloch na podporu tvorby lepku a na podporu fermentácie, plesní a prevenciu starnutia. Používa sa v prírodných šťavách, aby sa zabránilo oxidácii vitamínu C a zabránilo sa zhnednutiu šťavy. Produkt má detoxikačný účinok, môže sa použiť na otravu akrylonitrilom, aromatickú acidózu.
Acetylcysteín, tiež známy ako N-acetylcysteín alebo N-acetyl-L-cysteín (NAC), je liek používaný na liečbu predávkovania a na uvoľnenie hustého hlienu, napríklad pri cystickej fibróze alebo chronickej obštrukčnej chorobe pľúc.