Enzýmové prípravkysú odvodené z organizmov a sú všeobecne bezpečnejšie a dajú sa použiť vo vhodných množstvách podľa výrobných potrieb. Existujú tri hlavné skupiny mikroorganizmov, ktoré produkujúenzýmové prípravky: vláknité huby, kvasinky a baktérie, hlavne s použitím dobrých vzdušných baktérií. Kmene a použitie niekoľkých hlavných priemyselných enzýmov je nasledovné:
(1) Amylázy
Amyláza hydrolyzuje škrob na pastovité malto-oligosacharidy a maltózu. Vyrába sa hlavne ponorenou fermentáciou druhov Bacillus subtilis a Bacillus licheniformis z rodu Bacillus a tento druh produkuje termostabilné enzýmy. Okrem toho sa tiež vyrába ponorenými a polotuhými látkami. fermentácia s kmeňmi Aspergillus a Rhizopus, ktorá je vhodná na spracovanie potravín. Amyláza sa používa hlavne na výrobu cukru, desizing, na fermentáciu surovín a na spracovanie potravín. Glukoamyláza môže hydrolyzovať škrob na glukózu, ktorú dnes takmer všetky vyrába Aspergillus niger ponorná fermentácia na výrobu cukru, výrobu alkoholu, spracovanie fermentačných surovín atď.
(2) Proteáza
Najpoužívanejšie kmene a produkčné odrody. Na výrobu bakteriálnej proteázy ponorenou fermentáciou používajte rastliny Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus a Bacillus subtilis; používajú ponorenú fermentáciu Streptomyces a Aspergillus na výrobu neutrálnej proteázy a proteázy kyseliny Aspergillus na depiláciu kože, na zjemnenie kožušín, vo farmácii a potravinárskom priemysle; Niektoré baktérie rodu Mucor prechádzajú polotuhou fermentáciou na výrobu syridla, ktoré nahradzuje syridlo pôvodne extrahované z teľaťa žalúdok pri výrobe syra.
(3) Glukózoizomeráza
Odroda, ktorá sa rýchlo rozvíjala v 70. rokoch. Na získanie buniek Streptomyces sa používa prvá ponorená fermentácia. Po imobilizácii sa roztok glukózy prevedie na sirup obsahujúci asi 50% fruktózy. Tento sirup sa môže používať v potravinárskom priemysle namiesto sacharózy. Jedným z rozvíjajúcich sa cukrovarníckych priemyselov sa stalo použitie amylázy, glukoamylázy a glukózoizomerázy na výrobu fruktózového sirupu z kukuričného škrobu.